otb issueshttps://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues2020-07-17T08:16:16Zhttps://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2051Problem with spatial reference when using SampleExtraction2020-07-17T08:16:16ZYannick TANGUYProblem with spatial reference when using SampleExtraction### Description
SampleExtraction fails with this message whereas the image and the database seem to have a consistent projection.
```
RuntimeError: Exception thrown in otbApplication Application_ExecuteAndWriteOutput: /home/yannick/Dev...### Description
SampleExtraction fails with this message whereas the image and the database seem to have a consistent projection.
```
RuntimeError: Exception thrown in otbApplication Application_ExecuteAndWriteOutput: /home/yannick/Dev/otb/Modules/Learning/Sampling/include/otbImageSampleExtractorFilter.hxx:134:
itk::ERROR: PersistentImageSampleExtractorFilter(0x557731cc9e80): Spatial reference of input image and samples don't match:
GEOGCS["WGS 84",
DATUM["WGS_1984",
SPHEROID["WGS 84",6378137,298.257223563,
AUTHORITY["EPSG","7030"]],
AUTHORITY["EPSG","6326"]],
PRIMEM["Greenwich",0,
AUTHORITY["EPSG","8901"]],
UNIT["degree",0.0174532925199433,
AUTHORITY["EPSG","9122"]],
AXIS["Latitude",NORTH],
AXIS["Longitude",EAST],
AUTHORITY["EPSG","4326"]]
vs
GEOGCS["WGS 84",
DATUM["WGS_1984",
SPHEROID["WGS 84",6378137,298.257223563,
AUTHORITY["EPSG","7030"]],
AUTHORITY["EPSG","6326"]],
PRIMEM["Greenwich",0,
AUTHORITY["EPSG","8901"]],
UNIT["degree",0.0174532925199433,
AUTHORITY["EPSG","9122"]],
AXIS["Latitude",NORTH],
AXIS["Longitude",EAST],
AUTHORITY["EPSG","4326"]]
```
### Steps to reproduce
otbcli_SampleExtraction -in imagestack.tif -vec imagestack_samples.sqlite -field class_simp
### Configuration information
Fails with OTB 7.1 (Linux) and OTB develop (my build is at least 2 weeks old).
Works fine with OTB 7.0
[imagestack.tif](/uploads/32d77b2d98fb67e7001ab01e05b742a1/imagestack.tif)
[imagestack.geom](/uploads/c1ce4cc4091d9c93fdd482b80eaff554/imagestack.geom)
[imagestack_samples.sqlite](/uploads/979c4b2b892bb6938f94d1db31eb169d/imagestack_samples.sqlite)7.2.0https://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2056Move documentation about OTB integration in QGIS to qgis documentation2020-07-22T13:17:48ZMickael SavinaudMove documentation about OTB integration in QGIS to qgis documentation### What changes will be made and why they would make a better Orfeo ToolBox?
Move documentation about OTB configuration into qgis to qgis documentation website.
#### High level description
Following !713, The documentation about how to...### What changes will be made and why they would make a better Orfeo ToolBox?
Move documentation about OTB configuration into qgis to qgis documentation website.
#### High level description
Following !713, The documentation about how to configure OTB for qgis must be moved to qgis documentation:
* for [3.10](https://docs.qgis.org/testing/en/docs/user_manual/processing/3rdParty.html)
* and [for testing](https://docs.qgis.org/testing/en/docs/user_manual/processing/3rdParty.html)
through the specific github project branches [release-3.10](https://github.com/qgis/QGIS-Documentation/blob/release_3.10/docs/user_manual/processing/3rdParty.rst) and [master](https://github.com/qgis/QGIS-Documentation/blob/master/docs/user_manual/processing/3rdParty.rst).
Moreover we can complete the following pages:
* [3.10](https://docs.qgis.org/3.10/en/docs/user_manual/processing_algs/index.html)
* [testing](https://docs.qgis.org/testing/en/docs/user_manual/processing_algs/index.html)
with a link to otb applications documentation with the cookbook.
We can keep some information into the otb cookbook but avoid duplication with qgis documentation. The main user oriented information must be in QGIS and the technical information must be put into OTB cookbook. A link to otb cookbook must be available into QGIS documentation and reciprocally into OTB documentation to qgis one.
#### Risks and benefits
More users for OTB into QGIS !
#### Alternatives for implementations
none
### Who will be developing the proposed changes?
currently not defined7.2.0Mickael SavinaudMickael Savinaudhttps://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2070Uninitialized values (and ITK setters) in `otb::ImageToGenericRSOutputParamet...2020-08-21T17:50:07ZLuc HermitteUninitialized values (and ITK setters) in `otb::ImageToGenericRSOutputParameters`### Description
When `itkSetMacro()` is used with member-data left uninitialized in their constructors, quality related tools will emit error/warning messages.
### Steps to reproduce
It's for instance the case for valgrind that'll bar...### Description
When `itkSetMacro()` is used with member-data left uninitialized in their constructors, quality related tools will emit error/warning messages.
### Steps to reproduce
It's for instance the case for valgrind that'll barks things like
```
==26964== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)
==26964== at 0x34B56F4D: operator!= (itkSize.h:145)
==26964== by 0x34B56F4D: SetOutputSize (otbImageToGenericRSOutputParameters.h:106)
==26964== by 0x34B56F4D: otb::ImageToGenericRSOutputParameters<otb::VectorImage<float, 2u> >::EstimateOutputSize() (otbImageToGenericRSOutputParameters.hxx:249)
==26964== by 0x34B5CAE4: otb::ImageToGenericRSOutputParameters<otb::VectorImage<float, 2u> >::Compute() (otbImageToGenericRSOutputParameters.hxx:66)
==26964== by 0x34B5D137: otb::Wrapper::OrthoRectification::DoUpdateParameters() (otbOrthoRectification.cxx:285)
==26964== by 0x2D034A93: otb::Wrapper::Application::UpdateParameters() (otbWrapperApplication.cxx:490)
```
### Proposed resolution
I've identified the issue in `otb::ImageToGenericRSOutputParameters` class, where it could be fixed with
```c++
PointType m_OutputOrigin{0.0};
SpacingType m_OutputSpacing{0.0};
SizeType m_OutputSize{0, 0};
```
(IMO, the easiest is to use C++11 member initialization given we have these setters; and unfortunately ITK constructors prevents zero-initialisation with empty braces.)
I haven't checked whether it happens elsewhere.7.2.0Julie BrossardJulie Brossardhttps://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2081SuperBuild fails while building Qt52020-08-31T06:37:55ZJulien OsmanSuperBuild fails while building Qt5### Description
When compiling OTB using the SuperBuild, the build step for Qt5 fails.
Here is the content of **OTB/QT5/src/QT5-stamp/QT5-build-err.log**:
```
/usr/bin/ld: warning: libpng.so.1, needed by BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/li...### Description
When compiling OTB using the SuperBuild, the build step for Qt5 fails.
Here is the content of **OTB/QT5/src/QT5-stamp/QT5-build-err.log**:
```
/usr/bin/ld: warning: libpng.so.1, needed by BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_create_info_struct »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_compression_level »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_valid »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_error »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_invert_mono »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_text »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_strip_16 »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_channels »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_error_fn »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_create_write_struct »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_bgr »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_longjmp_fn »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_read_image »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_tRNS »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_oFFs »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_gAMA »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_write_rows »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_expand »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_filler »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_PLTE »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_write_fn »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_tRNS »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_interlace_handling »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_text »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_IHDR »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_destroy_write_struct »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_iCCP »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_gAMA »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_y_pixels_per_meter »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_x_pixels_per_meter »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_packing »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_gray_to_rgb »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_image_width »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_read_row »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_cHRM »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_write_chunk »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_read_update_info »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_packswap »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_create_read_struct »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_destroy_read_struct »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_IHDR »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_write_image »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_iCCP »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_read_fn »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_write_info »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_read_end »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_PLTE »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_sig_bytes »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_gamma »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_option »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_pHYs »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_io_ptr »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_sRGB »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_write_end »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_read_info »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_swap »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_get_image_height »
BUILD_DIR/QT5/build/qtbase/lib/libQt5Gui.so : référence indéfinie vers « png_set_oFFs »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[7]: *** [../../../bin/assistant] Error 1
make[6]: *** [sub-assistant-make_first] Error 2
make[5]: *** [sub-assistant-make_first] Error 2
make[4]: *** [sub-src-make_first] Error 2
make[3]: *** [module-qttools-make_first] Error 2
```
### Configuration information
OS: Ubuntu 18.04
OTB version: develop branch
### Steps to reproduce
Follow the steps in [the Cookbook](https://www.orfeo-toolbox.org/CookBook/CompilingOTBFromSource.html#superbuild-build-otb-and-all-dependencies).7.2.0