diff --git a/SuperBuild/CMake/External_fftw.cmake b/SuperBuild/CMake/External_fftw.cmake
index 2bddeafce9268bb0a92a0b9fde8a089c83e59f63..197aa49e969401c4e9bcf624d847130a1d5d51a1 100644
--- a/SuperBuild/CMake/External_fftw.cmake
+++ b/SuperBuild/CMake/External_fftw.cmake
@@ -27,6 +27,12 @@ set(FFTWD_SB_SRC ${CMAKE_BINARY_DIR}/FFTW/src/FFTWD)
 set(FFTWF_SB_BUILD ${CMAKE_BINARY_DIR}/FFTW/build/FFTWF)
 set(FFTWD_SB_BUILD ${CMAKE_BINARY_DIR}/FFTW/build/FFTWD)
 
+if(WIN32)
+  set(FFTW_SB_CONFIG -DWITH_COMBINED_THREADS:BOOL=ON)
+else()
+  set(FFTW_SB_CONFIG -DWITH_COMBINED_THREADS:BOOL=OFF)
+endif()
+
 # Compile the float version of FFTW
 ExternalProject_Add(FFTWF
   PREFIX FFTW/FFTWF
@@ -44,6 +50,7 @@ ExternalProject_Add(FFTWF
     -DENABLE_THREADS:BOOL=ON
     -DENABLE_SSE2:BOOL=ON
     -DENABLE_FLOAT:BOOL=ON
+    ${FFTW_SB_CONFIG}
   DEPENDS ${FFTW_DEPENDENCIES}
   LOG_DOWNLOAD 1
   LOG_CONFIGURE 1
@@ -51,8 +58,6 @@ ExternalProject_Add(FFTWF
   LOG_INSTALL 1
   )
 
-# SUPERBUILD_PATCH_SOURCE(FFTWF)
-
 # Compile the double version of FFTW
 ExternalProject_Add(FFTWD
   PREFIX FFTW/FFTWD
@@ -70,6 +75,7 @@ ExternalProject_Add(FFTWD
     -DENABLE_THREADS:BOOL=ON
     -DENABLE_SSE2:BOOL=ON
     -DENABLE_FLOAT:BOOL=OFF
+    ${FFTW_SB_CONFIG}
   DEPENDS FFTWF
   LOG_DOWNLOAD 1
   LOG_CONFIGURE 1
@@ -77,8 +83,6 @@ ExternalProject_Add(FFTWD
   LOG_INSTALL 1
   )
 
-# SUPERBUILD_PATCH_SOURCE(FFTWD)
-
 ExternalProject_Add(FFTW
   PREFIX FFTW
   DOWNLOAD_COMMAND ""